Почему-то некорректно отрабатывалось решение CreatoR: язык менялся, но вместо Ctrl+V отправлялось 'v'.
Предлагаю довольно примитивное решение, отлично работающее в моих условиях (запускаю скрипт вручную). Проверяет раскладку и, если она не английская, меняет её и перезагружается. Работает только с EXE, но, думаю, можно и поддержку au3 прикрутить.
Func _FixAccelHotKeyLayout()
If @KBLayout <> 409 Then
_WinAPI_SetKeyboardLayout(WinGetHandle('[ACTIVE]'), 0x0409)
Run(@ScriptFullPath)
Exit
EndIf
EndFunc
При необходимости можно обратно включать предыдущую раскладку (не тестировалось)
Func _FixAccelHotKeyLayout()
If @KBLayout <> 409 Then
Local $iPrevLayout = @KBLayout
_WinAPI_SetKeyboardLayout(WinGetHandle('[ACTIVE]'), 0x0409)
Run(@ScriptFullPath)
Sleep(500)
_WinAPI_SetKeyboardLayout(WinGetHandle('[ACTIVE]'), '0x' & $iPrevLayout)
Exit
EndIf
EndFunc