Если я правильно понял, то бесконечные строки выглядят как перечесление функций? Если да, то открой установочную папку "\AutoIt3\SciTE\Tidy" и оттуда запусти Tidy.exe, выбери так же файл, который нужно прогнать и жди пока он закончит (так будет быстрее чем через SciTE.exe), как только он закончит, то последующие разы будет все ок